Como comparar bases de dados MySQL de maneira simples no Ubuntu 18.04LTS

Utilize um software de comparação como o Meld. Depois exporte somente a estrutura dos dois bancos de dados que você deseja comparar. Por fim utilize o Meld para comparar os arquivos:

$ sudo apt install meld
$ mysqldump -u root -p --no-data dbLeft > leftSchema.sql
$ mysqldump -u root -p --no-data dbRight > rightSchema.sql
$ meld leftSchema.sql rightSchema.sql

As palavras dbLeft e dbRight nas instruções acima correspondem aos nomes dos bancos de dados que você deseja comparar. O mysqldump possui outros parâmetros para estabelecer conexão com seu banco de dados: $ mysqldump --help

Outra opção para a comparação é utilizar o DBeaver.

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